Két év telt el, amióta a csendes Peter Parker (Tobey Maguire) elhagyta nagy szerelmét, Mary Jane Watsont (Kirsten Dunst), és vállalta a szuperhõs-léttel járó felelõsséget. Peternek számos új nehézséggel kell szembenéznie, miközben arra törekszik, hogy megteremtse az egyensúlyt két élete között - nappal szorgalmas egyetemista, éjjel pedig a szuperhõs szerepét ölti magára. Azok az emberek, akik a legfontosabbak Peter számára, mind veszélyben vannak, attól a pillanattól, hogy összeütközésre kerül sor a gonosz Doc Ockkal.
Peter egyre nehezebben bírja Mary Jane nélkül, és egyre erõsebb késztetést érez, hogy a kettõs életnek és a titkolódzásnak véget vessen. Közben M.J. már továbblépett, és éli a maga életét: színészkedik, és férfi is van az életében.
Peter legjobb barátja, Harry Osborn (James Franco) a Pókemberen még mindig bosszút szeretne állni, mert õt tartja felelõsnek apja haláláért.
Még komplikáltabbá válik Peter élete azzal is, hogy Dr. Otto Octavius (Alfred Molina) ellen kell harcolnia. Szüksége van minden természet feletti képességére, hogy megállítsa az elmebeteg gonosztevõt.